Sobre lo del parón en las transiciones nath me dijo que eso es así por cojones. Si te fijas tanto en Goku Mal o Ninjajar pasa eso. No es que estéis haciendo algo mal, es que eso es así sí o sí. La explicación técnica ya si que te la tendría que comentar na_th_an.
Como a mí tampoco me mola mucho que pase eso, en uno de los juegos que se están cascando los Mojons lo que he hecho ha sido ajustar la composición lo máximo posible a esas transiciones para minimizar el parón, pero vamos, que no se puede evitar
Sobre lo de que las músicas te suenen peor que en el tracker pues ya no sabría que decirte. He intentando entrar en el enlace que has puesto y me salta este error "La carpeta '/ZX Spectrum/First World Problems/music-wyztracker128k' no existe."
Como dice nath, hay que tener en cuenta que en realidad disponemos de 3 canales, aunque en el tracker podamos escuchar 3 + las baterías.
Si estáis usando el mismo player que los últimos juegos en los que he participado yo, hay que tener en cuenta (y si no me cuelo) que nosotros hacemos que efectos suenen pisando el primer canal (que sería el 0). De todos modos el player lo hace de cine con las baterías y casi el corte no se nota casi nada y es como si estuvieran sonando 4 sonidos a la vez. Eso sí, los efectos de sonido si que te van a silenciar ese canal 0, o el que se establezca en el player.
Yo lo que hago es meter el bajo por ese canal y dejar los otros dos para melodías y arreglos, asi que por mucho que suenen los efectos, se pierde lo menos posible la "melodía" de la música.
Puede ser también que escuches diferente las baterías según qué emulador. Spectaculator saca un sonido muy parecido al tracker, pero recuerdo que con las primeras pruebas que hice para Goku Mal, las baterías en Fuse, sonaban un poco a ojete
En el Spectrum también suenan las baterías un poco peor que en el tracker.
Otras cosas que me pasan y que hacen que muchas veces no suene la cosa exactamente igual que en el tracker es si usas el Sawtooth, hay veces que si pasas en el mismo canal de utilizar sawtooth a otro instrumento, es como si no hiciera bien el cambio y suena todo feo.
También me ha pasado con algún instrumento que si dejas notas sostenidas, hacen un detune que también queda muy mal. Silenciando la nota antes de que pase se soluciona el desafine ese.
Ya te digo, que todo esto es basándome en mi experiencia. Aquí yo creo que los que más te podrían ayudar serían Augusto y WYZ, que son los maestros en esto