Si te soy sincero, nunca he usado flash, pero en teoría no debería haber problemas. Es un byte como cualquier otro.
Lo que sí puede ser es que estés al límite del tamaño máximo del binario principal, y que lo sobrepasases y por eso empezasen a pasar cosas raras. Al quitar el FLASH de la pantalla comprimida, es posible que se redujese su tamaño al comprimir lo suficiente como para que se eliminase el problema.
El binario principal puede ocupar hasta 36455 bytes, ya que en la dirección 60655 empiezan las estructuras necesarias para el motor gráfico (tablas de sprites, tablas de rotación, etcétera) y la pila.
Si tienes más problemas, déjame que lo revise. Tras más de 30 juegos con el motor desde sus primeras versiones, ya soy capaz de ver este tipo de problemas enseguida
